Zunächst erfolgt die Erstellung eines Färbepräparates von z. B. Kontaktfilmproben oder auch Partikelsammlungen. Dafür werden die zu untersuchenden Bereiche auf Klebefilm oder Objektträger für
mind. 30 Minuten mit Baumwollanilinblau bedeckt. Organisches Gewebe wie Hyphen (Pilzfäden) oder Mycel (Pilzgeflecht) nehmen dabei die blaue Färbelösung auf, wodurch sie im Mikroskop sichtbar
werden.
Probenmaterial für Direktmikroskopie (Kontaktfilmproben, Partikelsammlungen) bedürfen keiner aufwendigen Vorbereitung und können i. d. R. noch am Tag des Probeneingangs von uns bearbeitet werden.